Khu vực Nong Prue ban đầu là làng Ban Nong Prue, Tambon Nong Ri của Bo Phloi. Sau đó đơn vị này đã được nâng lên thành phó huyện (Tambon) Nong Prue. Bộ nội vụ Thái Lan đã tách hai tambon Nong Prue và Nong Pla Lai từ huyện Bo Phloi để lập tiểu huyện (King Amphoe) Nong Prue on April 1st, 1992.[1] Tambon thứ 3 Somdet Charoen sau đó đã được đưa vào huyện này.[2] Tiểu huyện được chính thức nâng thành huyện ngày 11 tháng 10 năm 1997.[3]